Sorgeva dove con tutta probabilità era stata edificata una cappella ducale longobarda. Dopo il termine dei lavori di costruzione, risalente al 1285, serviva anche per le riunioni degli arenghi popolari, in cui venivano discusse le faccende del Comune.

Nel 1917, durante la ritirata di Caporetto, fu incendiata ed in seguito fu più volte restaurata.

La chiesa dà il nome alla piazza sulla quale si affaccia; la facciata a capanna è  molto semplice, come era tipico di molte chiese francescane, con un portale sormontato da un grande loculo. 

A sinistra della facciata, il campanile è invece in stile romanico; ha pianta quadrata e presenta quattro bifore, una per lato, nella cella campanaria. Le absidi, che si possono vedere molto bene dal vicino Ponte del Diavolo, sono molto alte, come era caratteristico dello stile gotico.

Sul lato destro della piazza si trova il palazzo Pontotti Brosadola, costruito verso la metà del XVIII secolo, caratterizzato da una facciata molto semplice ma armoniosa; all'interno vi sono interessanti affreschi di Francesco Chiarottini.

L'interno della chiesa ha la tipica struttura gotica ad unica navata, con soffitto a capriate, restaurato più volte nel corso dei secoli.

Numerosi e differenti artisti, tutti sconosciuti, che lavorarono in San Francesco dall'inizio del XIV secolo fino alla prima metà del XVI, hanno lasciato numerosi resti di affreschi.

Tra questi sono attribuiti ai seguaci di Vitale da Bologna, il quale operò nel vicino Duomo di Udine:
• Redentore in mandorla;
• Madonna in trono;
• Annunciazione;
• Crocifissione

Oltre a questi, vi sono un'Adorazione dei magi, grande composizione attribuita ad un seguace di Altichiero e alcuni Santi presenti nel transetto, di scuola riminese. Una tomba con un singolare stemma risalente al 1230 si trova nell'angolo sinistro del presbiterio.

Nella sagrestia sono presenti affreschi di Giulio Quaglio il Giovane e risalenti al 1693, stucchi del Retti e mobili di Giacomo Brollo da Gemona del 1694.